Parkes pertama kali berkahwin dengan Clarinda Varney pada 11 Julai 1836 di Birmingham.[11] Dia meninggal dunia pada 2 Februari 1888 di Balmain, New South Wales, berumur 74 tahun. Mereka mempunyai dua belas anak:[12]

• Thomas Campbell Parkes (18 April 1837 – 5 Mei 1837), dilahirkan dan meninggal dunia di Birmingham pada usia 17 hari.
• Clarinda Martha Parkes (23 Jun 1838 – 24 Jun 1838), lahir dan meninggal dunia di Birmingham pada usia sehari.
• Clarinda Sarah Parkes (23 Julai 1839 – Oktober 1915), berkahwin dengan William Thom dan mempunyai anak.[13]
• Robert Sydney Parkes (21 Disember 1843 – 2 Januari 1880), berkahwin dan mempunyai anak.[14]
• Mary Parkes (16 Februari 1846 – 5 Disember 1846), meninggal dunia di bawah umur 10 bulan.
• Mary Edith Parkes (3 Mac 1848 – 15 Disember 1919), berkahwin dengan George Murray dan mempunyai anak.[15]
• Milton Parkes (14 Disember 1849 – 19 Januari 1851), meninggal dunia pada usia 13 bulan.
• Lily Maria Parkes (27 Oktober 1851 – 25 Mac 1854), meninggal dunia pada usia 2 tahun.
• Annie Thomasine Parkes (9 Januari 1854 – 6 Februari 1929), kekal tidak berkahwin.[16]
• Gertrude Amelia Parkes (13 April 1856 – 31 Julai 1921), berkahwin dengan Robert Hiscox dan mempunyai anak.[17]
• Varney Parkes (4 Jun 1859 - 14 Mei 1935), pertama kali berkahwin dengan Mary Murray dan kemudian kakaknya Isabella Murray, dan mempunyai anak. Seorang arkitek dan Ahli Dewan Undangan New South Wales.
• Lily Faulconbridge Parkes (7 Februari 1862 – 14 Oktober 1932), masih belum berkahwin.[18]

Selepas kematian isteri pertamanya, Parkes berkahwin dengan Eleanor Dixon pada 6 Februari 1889 di Sydney. Mereka kekal berkahwin sehingga kematiannya pada 16 Julai 1895 di Annandale, New South Wales, berumur 38 tahun. Mereka mempunyai lima anak, tiga dilahirkan sebelum perkahwinan mereka:

• Sydney Parkes (1884 – 20 April 1937), berkahwin dengan Marion Edith Morrissey dan mempunyai anak.[19][20]
• Kenilworth Parkes (1886 – 4 November 1910), berkahwin dengan Maude Howard (kemudian Armstrong) dan mempunyai anak.[21][22]
• Aurora Parkes (1888 – 29 Oktober 1974), berkahwin dengan Emanuel Evans, tanpa masalah.[23][24]
• Henry Parkes (1890 – 8 Julai 1954), berkahwin dengan Katherine Rush dan mempunyai anak.[25][26][27]
• Cobden Parkes (2 Ogos 1892 – 15 Ogos 1978), berkahwin dengan Victoria Lillyman dan mempunyai anak. Penjawat awam dan Arkitek Kerajaan New South Wales.[28]

Parkes berkahwin kali ketiga di Parramatta pada 23 Oktober 1895 dengan Julia Lynch,[29] his 23-year-old former cook and housekeeper.[30] Mereka tidak mempunyai anak, tetapi Lady Parkes membesarkan anak tirinya daripada perkahwinan kedua Sir Henry. Mereka kekal berkahwin sehingga kematiannya setahun kemudian. Lady (Julia) Parkes meninggal dunia pada 11 Julai 1919 di Lewisham, New South Wales.[31]